In het verleden kon het voorkomen dat je een slechte mossel voor de kiezen kreeg waar je ziek van werd. De boosdoeners daarbij waren mariene toxines als BSP, DSP en ASP, die geproduceerd worden door microalgen. Daarom wordt in alle schelpdierproducerende gebieden in Europa de concentratie aan schadelijke algen opgevolgd en de toxines in commerciële mollusken gemeten. De kans dat je nog een slechte mossel beet hebt is hierdoor nagenoeg onbestaande geworden.
Zoals bij alle visvangst en kweek op zee vindt men ook in mosselen microplastics, minieme sporen van plastiek dat in zee beland is. De hoeveelheid gevonden microplastics is evenwel heel laag in vergelijking met andere dieren. Onderzoekers van de Universiteit Gent vonden in mosselen gemiddeld één plastic partikel per gram weefsel. Hoe schadelijk dat voor de mens is, staat echter nog niet vast.