Koeien produceren tot wel 60 liter mest per dag, een hoeveelheid die in een middelgrote trekrugzak past. Met een productie van respectievelijk 4,5 liter en 133 gram steken varkens en kippen daar maar magertjes bij af. Te veel mest zorgt voor te veel voedingsstoffen zoals fosfaat en stikstof (bijvoorbeeld in de vorm van ammoniak) in de bodem en het water, wat slecht is voor het milieu. In het water kan het bijvoorbeeld een algenplaag veroorzaken. Daarom zijn landbouwbedrijven beperkt in de hoeveelheid mest die ze mogen gebruiken. Enkele van de maatregelen zijn dat ze jaarlijks per hectare maximum 170 kilogram dierlijke stikstof (N) uit mest aan de bodem mogen toedienen en in totaal maximum 310 kilogram stikstof van verschillende bronnen mogen gebruiken.
Samen met een grote veestapel zorgt de productie van kunstmest voor een mestoverschot. Kunstmest wordt vaak gebruikt omdat het voorlopig meer doelgericht en dus efficiënter kan worden ingezet, maar heeft een grote koolstofvoetafdruk. Minder kunstmest en efficiënter gebruik van de dierlijke mest kan een deel van het probleem oplossen. In 2015 was ongeveer 69 procent van het stikstof en 96 procent van het fosfor voor de bemesting afkomstig uit dierlijke mest. Een biologisch melkveebedrijf mag geen kunstmest gebruiken om voedergewassen te telen.
Met de juiste aanpak is mest geen vervelende afvalstof, maar een nuttige grondstof. Een kilogram koemest levert ongeveer 1,5 gram fosfaat en 4 gram stikstof. Runderen staan in voor 50 procent van de stikstofproductie door vee in Vlaanderen en 46 procent van de fosfaatproductie. Planten hebben onder andere stikstof en fosfor nodig om te kunnen groeien, dus het is belangrijk dat we die kostbare voedingsstoffen uit de mest niet verloren laten gaan. Als er bijvoorbeeld lachgas (N2O) en ammoniak (NH3) vrijkomt uit de mest, betekent dat een verlies van stikstof (N).
Het grootste deel van de mest wordt onbewerkt gebruikt op de akkers. Zo’n 5 procent is bewerkt: bijvoorbeeld vergist, gecomposteerd of gemengd met andere soorten mest. Mest kan gecomposteerd of gefermenteerd worden om meer nutriënten te behouden en minder broeikasgassen uit te stoten. Bij beide processen wordt de mest afgebroken door micro-organismen. Het verschil is dat composteren regelmatige verluchting vraagt, terwijl fermentatie zonder zuurstof gebeurt.