Het biologisch verhaal heeft ook een keerzijde. Het kweekproces is immers langer bij biologische kippen wat betekent dat ze per kilo kippenvlees meer ammoniak, geur en fijn stof uitstoten dan de normale vleeskip. Verder zijn er hogere verwarmingskosten, eten ze meer en is er een lagere bezettingsgraad dan bij reguliere vleeskippen. Hierdoor is het energieverbruik van een biologische kip hoger dan dat van een reguliere kip, wat op zijn beurt slechter voor het milieu is.