Net als groenwieren kunnen cyanobacteriën in de zomer zorgen voor ‘algenbloei’: de plotse en sterke groei van algen in vijvers, meren, rivieren of op zee. Algenbloei wordt mede veroorzaakt door een teveel aan voedingsstoffen in het water, vaak afkomstig van meststoffen van de landbouw (zie verder). De beruchte giftige algenbloei wordt veroorzaakt door cyanobacteriën.