Hoewel de naam paprika letterlijk peper betekent zijn beide plantensoorten niet verwant. De naamgeving is echter verwarrend. Paprika is een ondersoort van de chilipepers, een verzamelnaam voor alle vruchten van het plantengeslacht Capsicum. Daaronder vallen ook meer pikante varianten zoals jalapeño’s, tabasco of serranopepers. De meeste types chilipepers zijn pikant en worden als specerij gebruikt.
De Spaanse kolonisator zag in de chilipepers een alternatief voor de zwarte peper uit Indië. Het zijn echter twee verschillende stoffen die voor de pikante smaak zorgen in beide planten. Bij zwarte peper (Piper nigrum) is het piperine dat de tong prikkelt, bij pikante chilipepers gaat het om capsaïcine. De grote, zoete paprika werden pas later ontwikkeld en geldt als een groente.