In de zalmkwekerijen worden de vissen voor het slachten in een wachtkooi gehouden voor één tot zes dagen. Uiteindelijk worden ze samengedreven en opgepompt naar de slachtlijn. Wetenschappelijk onderzoek toont aan dat het transporteren stress veroorzaakt. De pomp verwondt de zalmen meestal niet, maar ze raken wel uitgeput door zich te verzetten tegen de stroming. Daarom wordt steeds vaker een methode gebruikt waarbij de vissen meteen aan boord van de boot worden verdoofd en geslacht, voordat ze naar de verwerkingsfabriek worden getransporteerd. Dit vermindert de stress voor de vissen.
Zalm kan verdoofd worden in een bad met CO2-rijk water, met een automatische slag op de kop, of met een elektrische schok. Vervolgens snijdt de slachter de kieuwbogen door en legt hij de vis in ijswater. Hoewel verdoving met CO2 vroeger vaak toegepast werd, wijst onderzoek uit dat de vissen veel stress ondervinden tijdens het proces. Daarom is het sinds 2010 verboden in Noorwegen (waar 85-90 procent van de gekweekte zalm die we eten vandaan komt). In Schotland wordt 78 procent van de gekweekte zalm volgens de standaarden van de RSPCA (Royal Society for the Prevention of Cruelty to Animals/Freedom Food) gekweekt, en daarbij is de slag op de kop de enige toegestane verdovingsmethode.
In een rapport van de Europese Commissie uit 2017 scoorden Noorse zalmkwekerijen slechter dan Schotland op vlak van dierenwelzijn bij de slacht. Slechts 30 procent van de Noorse kwekers die de elektrische schokmethode toepast deed dat volgens de standaard die de Wereldorganisatie voor Dierengezondheid van de VN (IOE) aanhoudt, met andere woorden op een manier die de zalmen niet onnodig veel leed veroorzaakt. Op de Schotse slachtpraktijk hadden de onderzoekers niets aan te merken. Hoewel het verboden is, vonden de onderzoekers dat jaar helaas nog heel wat kwekerijen in Noorwegen die zalm in een CO2-bad doden. Sinds 2018 wordt de praktijk er helemaal uitgefaseerd. Vandaag worden verreweg de meeste zalmen die we eten dus gedood met een automatische slag op de kop.
Vissen humaan doden op een boot is minder vanzelfsprekend. Over het algemeen sterft wildgevangen vis meestal aan verstikking of aan het levend verwijderen van de ingewanden. Voor een kleine visser is het makkelijker om humane methoden toe te passen, omdat hij met minder vis tegelijkertijd werkt. Bij zalm kan dat met een slag op de kop of een pin in de hersenen. Het kan ook automatisch, maar dat is eerder uitzonderlijk. Hoewel het zenuwstelsel van een vis voldoende ontwikkeld is om pijn te voelen, zijn regulaties omtrent het humaan slachten van vissen bijna onbestaande.