Mosselkweek behoort tot de extractieve aquacultuur, wat wil zeggen dat de mossel niet gevoed moet worden, maar zijn voeding (eencellige microalgen en phytoplankton) zelf uit de zee haalt. Op die manier draagt de kweek bij aan het ecosysteem, door overtollige nutriënten via die microalgen uit het water weg te halen.
Daarom kweekt men mosselen en oesters ook wel in een geïntegreerd systeem met viskweek, waardoor het teveel van nutriënten in het water door de vissenvoeding en -fecaliën wordt gecompenseerd. De bivalven, zoals mosselen, filteren immers partikels uit het water, zoals visvoederpartikels maar vooral ook microalgen die groeien dankzij de aanwezige nutriënten in het water. Vaak wordt ook zeewier gekweekt, als onderdeel van het Integrated Multi-Trophic Aquaculture-systeem (IMTA) omdat zij rechtstreeks de opgeloste nutriënten stikstof en fosfaat opnemen. Zo zouden mosselen bijvoorbeeld ook de zalmteelt kunnen verduurzamen.
Hoewel het invangen van het mosselzaad weinig druk legt op de natuurlijke populatie – elk ouderdier produceert miljoenen nakomelingen – is de praktijk toch niet zo onschuldig. Bij het ophalen van het mosselzaad schraapt men immers over de bodem, en berokkent men de leefgemeenschappen op de zeebodem schade. Sinds enkele jaren schakelt men daarom geleidelijk over naar een volledig duurzame manier van mosselzaad opvangen. In plaats van de jonge dieren van de bodem te schrapen, vangt men ze in door grote spoelen touwen in het voorjaar in het water te hangen waarop de larven zich kunnen vestigen. Zo haalt men de larven in, waarna men ze verder laat ontwikkelen tot spat of mosselzaad.
Aangezien de Waddenzee beschermd Natura 2000-gebied is, verlegt het inzamelen van het mosselzaad in Nederland zich ook naar andere oorden. De Nederlandse mosselteelt beweegt tegelijk ook van bodemcultuur naar hangcultuur, onder andere rond het eiland Neeltje Jans. Tegen 2029 zou die transitie moeten voltooid zijn.
Bij hangcultuur is een grote bedreiging dan weer fouling, waarbij ongewenste organismen zich op de mosselen zetten, waaronder zeewieren, anemonen of manteldieren (tunicata). In de Belgische Noordzee is fouling door het jassa kreeftje (Jassa herdmani) een gekend probleem. Dat zorgt niet alleen voor competitie voor voedsel en ruimte, maar verzwaart ook de ganse infrastructuur. Hierdoor liggen de lijnen niet meer correct in de waterkolom en wordt het oogsten bemoeilijkt. Fouling zorgt voor een grote biomassa op de mosselbank die zorgt dat minder voedsel tot bij de mosselen raakt, waardoor de groei wordt verhinderd. Hoewel algen normaal niet schadelijk zijn voor de mossel, zijn er seizoensgebonden af en toe problemen met bloei van toxische algen. Een mosselkweker mag op het moment van die bloei zijn mosselen niet oogsten, maar moet wachten tot het dier zich daarvan weer gezuiverd heeft.
Mosselen zijn doorgaans een lokaal product dat niet over verre afstanden wordt vervoerd. Transport gebeurt met vrachtwagens die winkels, groothandels en restaurants bevoorraden.