Vooral roest (Pucciniomyceten), schimmels die heel veel schade kunnen veroorzaken, zijn een bedreiging voor de knoflookteelt. Daarnaast zijn er tripsen, insecten die bij alle Allium-soorten schade veroorzaken. Die kunnen worden bestreden door natuurlijke vijanden als groene gaasvliegen, wantsen of Westerse roofmijt of bij sterke plaagdruk met een chemisch gewasbeschermingsmiddel.