91 procent van de soja in de VS, 89 procent van de Braziliaanse soja en 99 procent van de Argentijnse soja is genetisch gemodificeerd (GGO). De ggo-soja is beter bestand tegen herbiciden, meerbepaald Roundup. Dat leidt ertoe dat de industrie het gebruik van dat middelen opvoert.
Het gebruik van meer bestrijdingsmiddelen kan schadelijk zijn voor het milieu. De genetisch gemodificeerde soja op zich is niet slecht voor het milieu of voor de gezondheid. De GGO's die op de Belgische markt terechtkomen, moeten beantwoorden aan de Europese wetgeving. Ze worden gecontroleerd en goedgekeurd door de Europese Autoriteit voor Voedselveiligheid (EFSA) of het Europees Geneesmiddelenbureau (EMA).
Verder wordt er vaak kunstmest gebruikt. Omdat soja als monocultuur wordt geteeld, raakt de bodem uitgeput en minder vruchtbaar.