Ammoniakuitstoot heeft niet enkel een impact op het milieu. Ammoniak is een giftig gas met een doordringende, typische geur. In grote hoeveelheden kan de stof tot irritatie van de luchtwegen en ogen en zelfs tot verstikking leiden.
Een grootschalig onderzoek uit 2017 legt een link tussen de nabijheid van een boerderij en een slechte longfunctie. De longen werkten vooral slechter tijdens weken waarin er veel ammoniak in de lucht was.