Om te groeien en vrucht voort te brengen heeft een bananenplant veel water nodig, meer bepaald zo’n honderd millimeter neerslag per maand (of honderd liter per vierkante meter), het hele jaar door. Om daaraan te voldoen worden plantages in drogere zones zoals Noord-Peru en de Dominicaanse Republiek permanent geïrrigeerd. In iets minder droge zones zoals Ecuador en Zuid-Peru wordt enkel in droge periodes geïrrigeerd, terwijl er in Centraal-Amerika (Panama, Costa Rica, Colombia en Guatemala) geen extra water nodig is.
Irrigatie gebeurt doorgaans met sprinklers, een druppelsysteem of soms met vloed irrigatie waarbij men de plantage van perceel naar perceel laat onderlopen. Het oppompen van grondwater of afleiden van oppervlaktewateren kan gevolgen hebben voor andere boeren of gemeenschappen in de nabijheid van de plantages.
Aangezien water een kostbaar goed wordt, is er grote nood om het irrigeren te verfijnen. Experimenten en onderzoek rond het verkorten van de irrigatiemomenten leveren een efficiënter waterverbruik op zonder opbrengstverlies. Zo moet het irrigeren meer afgestemd worden op de weersverwachtingen en de vochtigheidsgraad van de grond, en kan verdamping van de bevloeiing uit de grond worden tegengegaan met een mulchlaag.
Een eerste bedreiging voor de bananenplant, gezien zijn zwakke schijnstam, is de wind. Bij een omgewaaide plant kunnen de wortels immers beschadigd raken. Daarom worden bananenplanten op plantages met plastic koorden rechtgehouden. Deze koorden worden niet verwijderd na de oogst, waardoor de grond vervuild raakt met oude koorden. Recent begon men wel met het verzamelen en recycleren van de koorden.
Op ziektevlak is de bladschimmel Black Sigatoka de meest voorkomende bedreiging. Om infectie te vermijden worden plantages vanuit vliegtuigen of helikopters bespoten. Dat gebeurt één keer per week of zes keer per jaar, afhankelijk van de ziektedruk en het ecologisch bewustzijn van de plantage. Dat bespuiten maakt ongeveer een derde van de kostprijs uit voor het telen van een banaan. Bovendien is ook de impact van die pesticiden op het milieu niet te verwaarlozen. Daarom worden rond de plantages vaak rijen bomen geplant die de verspreiding ervan richting de omringende dorpen moeten tegengaan. Door regen komen de stoffen echter ook in de oppervlaktewateren terecht, en zo raken ook de rivieren, meren en gronden gecontamineerd. Zo zorgen de pesticiden voor gezondheidsrisico's. Onderzoek in Ecuador stelde bijvoorbeeld een lager geboortegewicht vast bij kinderen die in de buurt van plantages werden geboren.
Vandaag vormt de Panamaziekte (Fusarium wilt), een wortelschimmel die de laatste dertig jaar aan een opmars bezig is en dodelijk is voor de plant, een groot probleem. Een eerste mutatie van deze schimmel werd bestendig tegen bestrijdingsmiddelen en zorgde in de jaren zestig voor het verdwijnen van de Gros Michel-cultivar, de vierde mutatie; immuun voor huidige pesticiden, bedreigt op dit moment de Cavendish. In Azië is deze schimmel al erg aanwezig, men probeert met quarantaines aan de grenzen verspreiding naar Afrika en Amerika te vermijden. Als dat niet lukt, zit er niets anders op dan een nieuw ras ontwikkelen voor de export. Dat met genetische gemodificeerde of crispr resistente variëteiten zijn.
Een onschadelijk euvel is Red Rust Thrips (Chaetanaphothrips signipennis), een trips die zich voedt met vocht in de bananenschil en zorgt voor het ontstaan van kleine rode vlekjes in de schil. Dat veroorzaakt hoogstens een esthetisch probleem, maar exporteurs tolereren de afwijking niet, wat voor opbrengstverliezen tot veertig procent zorgt. Om dat te voorkomen worden plastic zakken om de trossen gehangen, geïmpregneerd met een pesticide dat in de hitte langzaam verdampt en de vrucht beschermt, ook tegen insecten, vogels en mechanische schade door bladeren. De zakken creëren een microklimaat waardoor de tros beter groeit en sneller geoogst kan worden. Tot 2020 werd daarvoor het erg schadelijke insecticide chlorpyrifos gebruikt, al zijn pesticiden met dit middel zijn tegenwoordig verboden door de Europese Unie.
Bij het oogsten worden de geplukte bananentrossen via kabelbanen naar een centraal verzamelpunt en pakstation gebracht, waar de bananen worden gewassen, in clusters gesneden, gestickerd, verpakt in bananendozen en op paletten gezet. Bij kleinere plantages gaan de bananentrossen naar een gemeenschappelijk pakstation. Dan gebeurt het vervoer via muilezels of dragers. Van daar worden ze met kleine vrachtwagens naar een logistieke hub gebracht waar kwaliteitscontrole gebeurt en de dozen per 54 op een pallet worden verzameld. Twintig paletten vullen samen een container, die vervolgens wordt gekoeld tot dertien graden om het rijpen af te remmen. De elektriciteit voor dit koelen wordt opgewekt met kleine generatoren tot de containers in de haven worden ingeplugd op het elektriciteitsnetwerk om gekoeld te blijven tot het vertrek. Op de boot wordt de elektriciteit voor het koelen opgewekt met grote generatoren. Dat heeft allemaal een CO2-kost, maar die is met 480 g CO2 per kilo al bij al laag.
Het transport maakt meer dan de helft (55 procent) van de koolstofvoetafdruk van de banaan uit. Dat komt vooral omdat de schepen een kleine lading vervoeren, en leeg terugkeren naar de landen van productie. In de havens van aankomst worden de bananen gekoeld opgeslagen, en verdeeld op vraag van de supermarkten. Sommige grote retailers hebben hun eigen zogenaamde afrijpinstallaties.
Alle bananen die onverkoopbaar worden geacht voor westerse consumptie wegens te lang, te smal, te breed of te krom, worden op de lokale markt verkocht, of verwerkt tot puree. Ook veevoer is een optie.
Heel wat bananen worden te snel overrijp en bijgevolg weggegooid. Onderzoek in het Verenigd Koninkrijk schat dat probleem op 84.000 ton per jaar, of 2,3 procent van de hoeveelheid vermijdbare voedselverspilling. Bananen maken tot tien procent van de winst van een supermarkt uit, maar eindigen dus ook vaak onverkocht. Daarom zoeken supermarkten zelf verschillende oplossingen. Zo worden er producten ontwikkeld die kunnen bereid worden met fruit dat al iets te rijp is. Wat echt te ver gerijpt is, wordt vergist om zo omgezet te worden tot groene energie.